员工辞职被扣工资是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》的规定,用人单位不得无故克扣或者拖欠劳动者的工资,应当按照约定向劳动者支付工资。如果员工在辞职前已经按照公司规定完成了工作交接或者达到了公司要求的标准,那么公司不应该因为员工辞职而扣工资。
此外,如果公司有相关的规章制度规定了辞职需要扣工资,那么应该按照规章制度的规定执行。但是,如果规章制度违反了法律法规,那么该规定是无效的。
总之,员工辞职被扣工资是不合法的,用人单位应当遵守法律法规和相关规定,按照约定向劳动者支付工资,不得克扣或者拖欠。